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为破解国土资源执法难题，莆田市制定、出台了《莆田市国土资源执法检查评比工作方案》，对国土资源执法责任实行红绿旗检查评比制度。该制度规定：每季度对乡镇检查评比一次，每次检查按县区所属乡镇30%抽查，检查村的数量达到所在乡（镇）村的50%以上；经考评，对本辖区国土资源管理到位、制止违法行为成效明显的乡镇，授予红旗，并给予一定物质奖励；对国土资源管理不到位、违法行为制止不力的乡镇，评为绿旗单位；第二次复查，仍继续评为绿旗单位的，对乡镇分管领导给予效能告诫，国土资源所所长免职调离；第三次被评为绿旗单位的，追究乡镇主要领导责任，并将乡镇分管领导和所在县区国土资源局分管领导免职调离。此项制度有力遏制了国土资源违法现象的发生，在社会上产生良好反响。
针对国有土地使用权招标拍卖挂牌中存在围标串标现象，以及经营性用地出让后开发商履约不到位、随意提高容积率、拖欠出让金等问题，莆田市从2005年起，在全省率先实行经营性土地使用权“招拍挂”出让保留价制度，既遏制了土地“招拍挂”出让中围标串标行为，又确保了国有土地保值增值；另一方面，加强对土地出让合同履约情况的监管，组织开展专项检查，对违反规划审批、改变容积率的部分，责成开发商补交土地出让金，对拖欠土地出让金的，坚决予以追缴。
